Evoluce diploidně-polyploidního komplexu Chenopodium album agg. Společná anebo paralelní evoluce severoamerických a euroasijských druhů?

Název projektu: Evoluce diploidně-polyploidního komplexu Chenopodium album agg. Společná anebo paralelní evoluce severoamerických a euroasijských druhů?
Číslo projektu: LTAUSA18004
Řešitel: prof. Mgr. Bohumil Mandák, Ph.D. (FŽP)
Poskytovatel: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy
Program: Inter-Excelence
Doba řešení: 2019 - 2022
Rozpočet pro ČZU: 8 896 000 Kč
Koordinátor projektu: ČZU

Hlavním cílem projektu je odhalit evoluční vztahy mezi euroasijskými a severoamerickými zástupci agregátu Chenopodium album, který pro svou taxonomickou komplikovanost a široké rozšíření představuje jednu ze stále nezpracovaných skupin rostlin a to i přesto, že obsahuje několik ekonomicky velmi důležitých druhů. Vzhledem k tomu, že velké množství druhů tohoto diploidně-polyploidního komplexu vzniklo pomocí hybridizačních a polyploidizačních událostí, je vysvětlení vzniku vyšších polyploidů a rekonstrukce fylogeneze této skupiny nanejvýše žádoucí. Avšak doposud publikované studie přináší rozporuplné výsledky, zejména díky nedostatečnému počtu studovaných druhů, častým determinačním omylům, nerespektování ploidní variability jednotlivých taxonů či použití omezeného počtu molekulárních markerů často s nedostatečnou variabilitou. Předpokládáme využití kombinace několika metod, od klasické karyologie, přes průtokovou cytometrii až po sekvenování nové generace v podobě moderní metody Hyb-Seq, která díky speciálně vyvinutým sondám umožňuje paralelní sekvenování velkého počtu (stovek až tisíců) low-copy genů. Použití tohoto souboru cytologických a molekulárních analýz nám umožní (1) sestavit první téměř kompletní a robustní fylogenetický strom druhů zahrnovaných do skupiny Chenopodium album agg., (2) odhalit rodičovské genomy v různých polyploidních druzích agregátu Chenopodium album a (3) revidovat karyologickou a ploidní variabilitu jednotlivých, zejména pak severoamerických, druhů, která doposud nebyla systematicky studována.