V působnosti ekonomického odboru je veškerá účetní agenda včetně daní, tj. oblast týkající se majetku, skladů, pohledávek, projektů, rozpočtů a doplňkové činnosti. Dále se zde zpracovávají přijaté a vydané faktury, bankovní výpisy, příjmové a výdajové pokladní doklady včetně vyúčtování drobného vydání, cestovní příkazy, podklady pro Intrastat.
Ekonomický odbor dále zajišťuje konzultace vybraných smluv a dokladů ve fázi přípravy, a to především po stránce finanční a daňové. K dalším činnostem patří tvorba a správa rozpočtu, spravování číselníku činností, zakládání nových zakázek, zajišťování finanční kontroly (podpisové vzory) a příprava souvisejících vnitřních předpisů ČZU.
Ekonomický odbor zahrnuje:
- finanční účtárnu;
- oddělení rozpočtu a projektů;
- oddělení správy daní a pohledávek;
- oddělení platebního styku a pojištění.
Ekonomický odbor spolupracuje dále s externími subjekty, např. účetním auditorem, daňovým poradcem, pojišťovacím makléřem a zajišťuje přípravu podkladů pro kontrolní orgány a instituce.