Studijní oddělení rektorátu po administrativní stránce zastřešuje studijní agendu univerzity. Jménem univerzity komunikuje s vnějšími partnery, státní správou v záležitostech týkajících se pedagogické činnosti a studentů bakalářských a magisterských studijních programů.
Zabezpečuje agendu spojenou s akreditacemi a vede centrální evidenci studijních oborů a programů. Zastřešuje odvolací řízení studentů (v rámci přijímacího řízení na ČZU, přezkoumání rozhodnutí o ukončení studia atd.). Je poradenským centrem při řešení otázek spojených se studiem. Vede agendu poplatků za delší studium, včetně řešení odvolání. Administruje agendu spojenou s ubytovacími a sociálními stipendii a agendu stipendistů Domu zahraniční spolupráce. Zpracovává hlášení pro zdravotní pojišťovny. Zajišťuje sběr statistických dat v pedagogické oblasti, aktualizaci dat pro přijímací řízení a prezentaci ČZU. Koordinuje tvorbu rozvrhu a zajišťuje tvorbu centrálního rozvrhu studentů, připravuje Harmonogram akademického roku. Zabezpečuje administrativu spojenou s udílením studentských cen na univerzitní úrovni (Ceny rektora, Ceny ministrů, cena Nadace Hlávkových, Cena pro vynikající pedagogy). Zabezpečuje uznávání zahraničního vysokoškolského vzdělání v bakalářských a magisterských studijních programech (tzv. nostrifikace).
Kompletní agenda oblasti Studia je obsahem samostatné části webu nazvané STUDIUM