Oddělení zajišťuje agendu související s vědecko-výzkumnou činností univerzity. Zabezpečuje také evidenci v oblasti vědy a výzkumu, vede databázi vědeckých periodik. Shromažďuje a zpracovává údaje související s touto činností za účelem hodnocení vědeckovýzkumné činnosti na ČZU. Zajišťuje koordinaci s Odborem informačních a komunikačních technologií pro správu systému evidence publikačních výstupů (CV). Zajišťuje předávání informací do Rejstříku informací o výsledcích (RIV).
Vyřizuje celouniverzitní agendu spojenou s doktorským studiem. Vydává diplomy absolventům doktorských studijních programů. Organizuje jejich promoce a zajišťuje uznávání zahraničního vzdělání v doktorských studijních programech. Zabezpečuje celouniverzitní agendu habilitačních řízení, agendu řízení ke jmenování profesorem na úrovni univerzity a agendu udělování čestných titulů a medailí ČZU. Organizačně zabezpečuje udílení a předávání Cen rektora ve vědeckovýzkumné oblasti zaměstnancům univerzity a studentům doktorských studijních programů.
Zajišťuje veškerou agendu související s činností Vědecké rady ČZU. Řídí a organizuje činnost Celouniverzitní interní grantové agentury (CIGA) a další činnosti související s čerpáním podpory specifického vysokoškolského výzkumu. Oddělení redakčně zajišťuje vydávání vědeckého časopisu Scientia Agriculturae Bohemica, jehož vydavatelem je ČZU. Zajišťuje zpracování dat pro statistickou charakteristiku činností vědy a výzkumu na ČZU.
Kompletní agenda oblasti Vědy a výzkumu je obsahem samostatné části webu nazvané Věda a výzkum.