V souvislosti s šířením koronavirové nákazy SARS-CoV-2 rozhodlo vedení univerzity (po dohodě s krizovým štábem ČZU v Praze, s kolegiem rektora a řediteli školních podniků) o uzavření všech budov fakult ČZU v Praze a všech jejich pracovišť s okamžitou platností, tedy od 18. března 2020 od 13 hod., a to na dobu neurčitou. Každá fakulta je povinna zajistit nezbytný technický provoz budov tak, aby nedošlo ke ztrátám na majetku. Přístup pracovníků, kteří budou zajišťovat technický provoz budov, bude možný pouze na základě písemného nebo e-mailového potvrzení děkana nebo tajemníka příslušné fakulty, resp. ředitele IVP. Vstup do rektorátních pracovišť bude možný pouze na základě písemného nebo e-mailového potvrzení kvestora ČZU. Vstup do kampusu a budov ČZU v Praze je povolen pouze se zakrytými ústy a nosem, tedy s rouškou, šálou a podobně. V obou školních podnicích bude režim nadále upraven pokyny ředitelů. Nadále však platí povinnost provozovat bezkontaktní výuku jako primární poslání univerzity v této době.
